Преку научноистражувачката работа, Факултетот учествува во изготвување на фундаментални, развојни и применувачки проекти. Притоа, интересот за разрешување на прашањата е лоциран во сферата на макроекономската политика, општествено-економските односи, финансиите и банкарството, маркетингот, менаџментот, организацијата на претпријатијата и деловните субјекти, сметководството, планирањето, информатиката, квантитативните истражувања, пазарот, применетата економија и тн.
Како организатор или како соорганизатор, Факултетот го дава својот придонес и на низа научни собири, советувања, трибини и сл. Поттикнувајќи расправа или учествувајќи во дијалозите за повеќе актуелни теми од општествено-економскиот и политичиот живот на земјата, Факултетот ја афирмира и развива економската мисла најчесто во соработка со Економскиот факултет-Скопје, Економскиот институт-Скопје, Стопанската комора, ДНУ-Прилеп и тн
Економскиот факултет - Прилеп, континуирано и со сe поголем интензитет и ширина, остварува богата и тесна соработка со повеќе универзитети и факултети во земјата и странство. Меѓународната соработка Факултетот ја остварува непосредно или преку Универзитетот “Св. Климент Охридски”-Битола (чија членка е).
Така, Економскиот факултет - Прилеп досега има воспоставено соработка со Државните универзитети од Аризона и Флорида (САД), универзитетите во Софија и Благоевград (Р. Бугарија), и со повеќе универзитети и факултети во СР Југославија, Р. Словенија, Р. Грција, Р. Турција и Р. Украина и тн.
Претходното недвосмислено зборува за стратешката ориентација на Економскиот факултет - Прилеп за негово целосно отворање, прифаќање и примена на светските образовни и научно-истражувачки стандарди во неговото работење.
Листа на факултети со кои Економскиот факултет - Прилеп соработува
Еден дел од резултатите што произлегуваат од научноистражувачката и наставно-образовната работа се објавуваат во разни монографски или периодични публикации и на таков начин и се презентираат на пошироката јавност. Таква публикација е и Годишникот на Факултетот, којшто се издава над петнаест години.
Својата издавачка презентација Факултетот ја остварува најчесто самостојно, но и во соработка со другите издавачи од земјата.
Меѓународни проекти:
· Развивање систем за оценка на квалитетот на високото образование на универзитетите во Македонија, Tempus, Phare
· Модернизација на јавната администрација и јавната политика во Република Македонија, Tempus, Phare· Евалуација на високообразовните установи на Република Македонија
· Модернизација на административните услуги на универзитетите во Битола и Скопје
· Отворање Факултет за европски студии, Универзитет “ Св. Кирил и Методиј” - Скопје
· Проект за социо – економски развој од поголеми размери – компонента 4, Министерство за финансии на Република Македонија
· Проект граѓанско образование – Поддршка на високото образование во општествените науки во Република Македонија.
Исто така, кон крајот на 2002 година Факултетот аплицираше за учество во следниве проекти:
· Развој на отворен систем за далечинско учење за јавна администрација - предложен од Институтот за социолошки, политички и правни истражувања - Скопје;
· Надградување курикулуми за селектирани економски профили – предложен од Економскиот факултет - Београд;
· Право на индустриска сопственост во ЕУ – формирање институција предложен од Правен факултет - Скопје;
· Е–bussines менаџмент во Економскиот факултет –Скопје
· Менаџмент и е-bussines образование во студиите за компјутери – предложен од Природно – математички факултет - Скопје
· Континуирано образование за европски студии
· Курсеви за обука за формирање институции – CEDEF -Франција
· Физибилити студија за развој на технолошки парк во Битола, предложен од експерти за технолошки парк од Грција;
· Воспоставување канцеларија за меѓународни односи- Технички факултет – Битола.
1981 „Симпозиум за економска кибернетика СИМЕК“, Прилеп, 4-5 јуни, 1981 година
1995 „Структурните промени и развојот на земјите во транзиција“, „Молика“, Битола, 21-23 јуни 1995 година
1998 „Алтернативите на развојот: економски и социјални аспекти на промените во земјите од Југоисточна Европа“, „Молика“, Битола, 16-18 декември 1998 година
2000 „Современите процеси на економскиот развој во земјите од Југоисточна Европа“, Прилеп, 6-7 декември 2000 година
2003 „Регионалната соработка и економскиот развој“, Прилеп и Охрид, 20-21 јуни 2003 година
2005 „Предизвиците на новата економија“, Охрид, 14-16 октомври, 2005 година
2007 „Бизнисот и глобализацијата“, Охрид, 19-20 октомври, 2007 година
2010 „Економијата и бизнисот во пост-рецесискиот период“, Прилеп, 28 октомври 2010 година
2012 „Миграцијата и пазарот на труд“, Крушево, 19-20 октомври, 2012 година
2013 „Меѓународна конференција за докторанти: Современи истражувачки проблеми во економијата, менаџментот и бизнисот“, Прилеп, 18 мај, 2013 година
2014 „Развојот на малите и средни претпријатија и иновациите: Градење конкурентна иднина на Југоисточна Европа“, Охрид, 3-4 октомври, 2014 година
